Gedung LBP dibangun di atas tanah UGM oleh Kemendikbud dan diresmikan oleh Mendikbud Prof. Dr. Fuad Hassan tahun 1989. Gedung ini berdiri atas upaya alm Prof. Jacob; untuk penyimpanan dan pemeliharaan fosil-fosil manusia dan hewan purba Indonesia. Fosil manusia purba berhasil Prof. Jacob kembalikan dari negri-negeri yang dulu menyimpannya (Jerman, Belanda dan Amerika), mulai tahun 1978 sampai akhir hayatnya 17 Oktober 2007. Fosil Sm3 yang dijual oleh tengkulak Indonesia ke toko barang antik di New York sempat disimpan di American Museum of Natural History; lalu diupayakan kembali ke Indonesia melalui upaya diplomatik.
Pada 13 Agustus 2007, gedung LBP dan segala isinya, serta 8 pegawai Balai Arkeologi dihibahkan dan dimutasikan ke UGM. Oleh karena gedung LBP tidak dalam naungan Balai Arkeologi lagi, maka sejak Agustus 2007 pendanaan bulanan listrik, telepon, tenaga keamanan dan tenaga pembersih) dibiayai oleh Yayasan Keluarga Hasim Djojohadikusumo atas sepengetahuan Fakultas dan Universitas melalui laporan tahunan yang kami susun. Mulai bulan Agustus 2010, Fakultas Kedokteran membantu biaya listrik, sedangkan sejak tahun 2014 Fakultas Kedokteran selain membantu biaya listrik, juga biaya telepon, tenaga keamanan ataupun tenaga pembersih.